■ Появление Ионинской обители предсказал прп. Феофил Киевский (†1853), проезжавший однажды через ее будущую территорию. Труды по ее созиданию выпали на долю прп. Ионы Киевского, в миру Иоанна Мирошниченко. Уроженец Крюковского предместья г. Кременчуга, он в детстве неоднократно удостаивался восхищений в Горний мир, где был извещен о том, что избран для совершения одного из великих дел милосердия Божия на земле.
■ В возрасте ок. 20-ти лет Иоанн поклонился киевским святыням и по указанию Пресвятой Богородицы отправился к прп. Серафиму Саровскому. Через старца Серафима Божия Матерь открыла Иоанну будущее и направила его в Брянскую Белобережскую пустынь. Здесь послушник принял монашество с именем Ионы. Когда приблизилось время исполнения прп. Ионой определенного ему особого подвига, иноку трижды являлась Пречистая Богородица, призывая его идти в Киев и основать новый монастырь (на месте, которое будет указано огненным столпом). Укрепляя подвижника перед новыми трудами, Спаситель в видении показал ему Свои раны.
■ В ожидании обещанного знамения, прп. Иона жил в разных киевских монастырях. В период пребывания в Греческом Свято-Екатерининском монастыре, он принял рукоположение в иеромонаха и стал духовником многих киевлян. В новых видениях Спаситель и Божия Матерь открыли подвижнику, что ему предстоит послужить для спасения множества душ. Через живущих в миру духовных чад прп. Иона начал приобретать участки на рубежах Выдубичей и Зверинца – там, где один из его монашествующих учеников видел огненный столп от земли до неба. Поселив здесь первую свою братию, прп. Иона перешел жить в ближайший Выдубицкий монастырь, чтобы оттуда руководить обустройством новой обители. 1 марта 1861 г. и 9 марта 1862 г. Пречистая Богородица являлась о. Ионе на склонах Выдубичей. В первое из этих явлений Она говорила: «Иноки многи имуть быти зде, и излие Господь Бог Сын Мой благодать месту сему и живущим на месте сем. И Моя благодать имать быти с ними зде во веки… Многие придут и приползут разного рода и племени, целы и полуцелы, уязвленные, отягченные сном, дремлющие, расслабленные, обременены и удручены тягостию от самих себя и от исконного врага; вся и всея оныя приемли и послужи, и да не презриши кого – Божии бо суть вся сии. И Аз не престану посещать место сие, живущих и ползущих на место сие. Господь Бог Сын Мой и Аз послужим всегда ко утешению и спасению их всех».
■ Супруга Киевского генерал-губернатора и духовная дочь прп. Ионы княгиня Екатерина Васильчикова пожертвовала в пользу новой обители часть своих имений и подала императору Александру II ходатайство об утверждении устава монастыря. Собрав приближенных на совет, государь высказался «за», но между остальными разгорелся спор. Раздосадованный император вышел в сад, где тут же едва не погиб от рук террориста Дмитрия Каракозова. На следующий день, в том же ближнем кругу, самодержец сказал оппонентам Васильчиковой: «А что, господа, монастыря не надо? А я верю, что Господь Бог и Божия Матерь спасли мне жизнь молитвами того монастыря!» Одобренный государем устав (5 апр. 1866 г.) предусматривал организацию жизни обители на началах строгого общежития, с содержанием при монастыре приюта со школой для сирот и странноприимного дома с больницей для бедных.
■ Иноки и посещавшие обитель богомольцы не раз были утешаемы видениями, которые свидетельствовали, что Пресвятая Богородица хранит и непрестанно посещает Свято-Троицкую обитель. Прп. Иона стал известен по всей Российской империи. За свою долгую многотрудную земную жизнь старец сподобился многих чудесных откровений, даров прозорливости и исцелений (известен даже случай избавления от холеры одного мусульманского аула, житель которого с верой отправил к о. Ионе телеграмму). Исцеления по молитве прп. Ионы совершались и после его кончины (†9 янв. 1902 г.). Усопший старец являлся многим знавшим его.
■ При земной жизни прп. Ионы некоторые из его видений были зарисованы по рассказам старца. Одна из зарисовок изображала следующее: «Фон – море огня и дыма окутало всю местность. Уцелела часть (угол) обители, расположенный на возвышенном берегу. Над этой обителью Спаситель в воздухе распростер Свои Пречистые длани». Пророчество сбылось 6 июня 1918 г.: при чудовищном взрыве артиллерийских складов на Зверинце монастырь утратил многие свои строения, но Господь сохранил главное – расположенный на мысу каменный храм Св. Троицы.
■ На рубеже 20-30-х гг. ХХ в. обитель упразднили. В сер. 1930-х гг. на окружающей храм территории был учрежден ботанический сад, основные работы по планировке и насаждению которого развернулись после Великой Отечественной войны. Сад уберег монастырскую усадьбу от городской застройки (хотя в 1960-х гг. существовал проект перестройки самого храма Св.Троицы, к счастью – неосуществленный). В 1941-1945 гг. монастырская община временно возобновила свою деятельность. Нынешнее возрождение обители восходит к нач. 1990-х гг. Первые труды по возобновлению регулярных богослужений, ремонту и реставрации храма, братия несла под руководством архимандрита Агапита (Бевцика) – ныне архиеп. Могилев-Подольского и Шаргородского. С 1999 г. управление монастырем принял архимандрит Иона (Черепанов), с 2011 г. – епископ Обуховский, викарий Киевской Митрополии. За последние годы обитель стала одним из самых известных миссионерских центров Украинской Православной Церкви. Здесь реализуются многие просветительные и благотворительные проекты, в рамках которых монастырь осуществляет тесное и разностороннее соработничество с молодежью (с 2010 г. владыка Иона является председателем Синодального отдела по делам молодежи УПЦ). Все то, что в жизни обители направлено на заботу о ближнем, имеет руководством слова Пресвятой Богородицы, сказанные прп. Ионе: «Вся и всея оныя приемли и послужи, и да не презриши кого – Божии бо суть вся сии».